腘窝常见的疾病为腘窝囊肿。腘窝囊肿是指腘窝内侧腓肠肌滑囊的积液。腘窝囊肿早期症状不明显，仅有窝部不适或胀感。当囊肿增大时，则在膝关节后方出现肿块，屈膝不便。 肿块呈圆形或椭圆形，表面光滑有弹性，无压痛或仅有轻压痛，伸膝时肿块明显且变硬，屈膝时肿块不明显且较软。 较大的腘窝囊肿应手术切除。幼儿的腘窝囊肿可随访观察，5岁以后仍不消失者应行手术切除。较小的腘窝囊肿可抽液后注入皮质激素类药物，有一定效果。由关节内病变引起者，先处理关节内病变，关节内病变治愈后，腘窝囊肿仍不消失者再行囊肿摘除。